Hankkeet Natura 2000 -ohjelmaan kuuluvilla tai niiden vaikutuspiirissä olevilla alueilla eivät saa heikentää suojeltuja luontoarvoja. Tämän takia laissa edellytetään, että hankkeiden vaikutuksia suojelualueeseen tulee arvioida.

Vaikutukset voivat olla välittömiä tai välillisiä ja ne voivat vaihdella merkittävyydellään. Keiron arvioi vaikutukset, niiden laadun ja merkittävyyden sekä yhteisvaikutukset, sekä esittää vaikutusten lieventämismahdollisuuksia.

Arvioitavia vaikutuksia voivat olla esimerkiksi:

- muutokset suojellun vesistön valuma-alueen vesiolosuhteissa kuten
  virtaamassa ja ravintokuormituksessa

- lisääntyvästä asukasmäärästä johtuva virkistyspaineen kasvu, joka
  johtaa kasvillisuuden kulumiseen

- pesimälinnustoon kohdistuva häiriö

- Naturalla suojellun lintulajin elinympäristön pinta-alan pieneneminen haitallisella tavalla